Bộ gen của R. prowazekii bị giảm, có kích thước khoảng 1Mb và mã hóa 834 protein.[2] Một số chủng mã hóa cho 866 protein.[2] Các trình tự không đủ mã hóa đủ protein càn thiết, do vật vi khuẩn phải lấy dinh dưỡng từ vật chủ của nó chính là tế bào nhân chuẩn. Vì lý do này, R. prowazekii đôi khi được coi là một mô hình của ty thể.[3]